Sisäinen valvonta on keskeinen osa Valtiokonttorin hallintoa. Sisäisellä valvonnalla varmistetaan, että operatiiviset prosessit toimivat laadukkaasti ja tehokkaasti, sisäinen ja ulkoinen raportointi on luotettavaa ja lakeja ja säädöksiä noudatetaan. Hyvin järjestetty sisäinen valvonta auttaa organisaation kaikkia osia saavuttamaan tavoitteensa.
Valtiokonttori arvioi kaikki velanhallinnan keskeiset prosessit vuosittain osana sisäistä valvontaa. Arvioinnissa kiinnitetään huomiota etenkin tavoitteiden, riskien ja hallintatoimien selkeyteen.