Toiminnallisella eli operatiivisella riskillä tarkoitetaan ulkoisista tekijöistä, teknologiasta tai henkilöstön, organisaation tai prosessien puutteellisesta toiminnasta aiheutuvaa riskiä. Valtiovarainministeriön määräyksen mukaisesti toiminnallisen riskin hallinnan tavoitteena on sen minimointi. Tavoitteena on välttää velanhallinnan keskeytyminen tai prossien poikkeamista aiheutuva taloudellinen vahinko.
Valtiokonttori seuraa prosessiensa toimintaa ja laatua sekä niitä uhkaavia riskejä systemaattisesti. Toteutuneiden riskitapahtumien ja läheltä piti -tilanteiden kuvaukset tutkitaan huolellisesti ja niiden pohjalta tehdään prosessien parantamistoimia. Valtiokonttori raportoi operatiivisten riskien tilasta valtiovarainministeriölle.
Yksi erityishuomiota edellyttävistä alueista on tietoturva, johon sisältyy sekä asiakirjojen että tietojärjestelmien turvallisuus. Toinen painopiste on velanhallinnan jatkuvuussuunnitelman jatkuva testaus ja kehittäminen. Ulkopuolisten tietoturva-asiantuntijoiden tekemät säännölliset tarkastukset ovat kannustaneet myös Valtiokonttoria parantamaan velan- ja kassanhallinnan prosessejaan.