Operatiivinen riski aiheutuu toimintatapojen, henkilöstön tai tietojärjestelmien toimimattomuudesta tai puutteellisesta toiminnasta. Myös ulkopuoliset riskitekijät (esimerkiksi sähkökatkot) kuuluvat operatiivisen riskienhallinnan alueelle. Osana operatiivisen riskin hallintaa Valtiokonttori pitää yllä ajantasaisia prosessikuvauksia kontrollipisteineen.
Valtiokonttori seuraa toteutuneita operatiivisia riskejä ja arvioi säännöllisesti niiden vakavuutta. Tärkeä osa operatiivisten riskienhallintaa on korjaavista toimenpiteistä päättäminen ja toimenpiteiden toteutuksen seuranta.
Valtiokonttori huolehtii myös velanhallinnan prosessien jatkuvuudenhallinnasta. Se pitää yllä ajantasaista jatkuvuussuunnitelmaa varmistaakseen velanhallinnan prosessien toiminnan häiriötilanteissa.